12岁小男孩的生殖器小，考虑可能跟发育不完善、内分泌功能异常、尿道下裂等原因有关，可通过药物治疗、手术治疗、加强护理等方法以改善症状。

1、药物治疗：内分泌功能异常，比如粗性腺激素分泌异常，可导致12岁小男孩的生殖器小。遵医嘱使用绒毛膜促性腺激素、促性腺激素释放激素、睾酮等药物，可促进孩子生殖器的发育。

2、手术治疗：尿道下面通常也会合并男孩的生殖器小，可通过手术治疗的方式，例如阴茎弯曲矫正术、尿道成形术等，以改善症状。

3、加强护理：12岁小男孩的生殖器小，还有可能跟生殖器还未发育完全有关。家长平时要注意适当的增加孩子的运动量，避免孩子出现肥胖的情况，可促进小男孩生殖器的发育。

建议家长带孩子去医院的小儿外科或泌尿外科就诊，在专业医生的指导下接受治疗。